九州大学はマレーシアの6大学と協定を結んでいる。マラヤ大学とは、大学間学術協定及び学生協定を締結しており、本学工学研究院は、ペトロナス工科大学、マラ工科大学、マレーシア化学大学物質・鉱物資源工学部、マレーシア工科大学と部局間部局間学術協定もしくは学生協定を締結している。
マラ工科大学とは本学国際宇宙天気科学・教育センターとも部局間学術協定を結んでいる。さらに、マレーシアサバ大学熱帯生物学・保全研究所とは、本学比較社会文化研究院・農学研究院・持続可能な社会のための決断科学センター・熱帯農学研究センターが部局間学術協定を結んでおり、幅広い分野での共同研究及び交流が進んでいる。